A problémát az /etc/init.d/mysqld felülírása okozta.

Ez volt benne:

#!/bin/sh
. /etc/init.d/common
DAEMON="/usr/sbin/mysqld"
PIDFILE="/var/run/mysqld/mysqld.pid"
DAEMONARGS=(--pid-file="$PIDFILE" --log-error=/var/lib/mysql/err.log)
export _MYSQL_FORK=1
cd /var/lib/mysql
startstop "$@"

 A leírás szerint újraírtam az egészet:

#!/bin/bash

    mysql_start(){

    if [ -e /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe ]
    then
      echo "Starting MySQL service"
      exec /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --user=mysql &
      echo "MySQL service started"
    else
      "Cannot execute MySQL Service: permission denied or missing mysqld_safe"
    fi
    }

    mysql_stop(){
      echo "Stopping MySQL sevice"
      killall -9 mysqld_safe
      killall -9 mysqld
      echo "MySQL service stopped"
    }

    mysql_restart(){
      mysql_stop
      mysql_start
    }

    if [ -z $1 ]
    then
      echo "Missing parameter, use: /etc/rc.d/rc.mysql start|stop|restart"
    fi

    case "$1" in
    'start')
    mysql_start
    ;;
    'stop')
    mysql_stop
    ;;
    'restart')
    mysql_restart
    ;;

    *)
    echo "Invalid parameter, use: /etc/rc.d/rc.mysql start|stop|restart"
    exit
    esac

Valami ebben is van:

/* úgy konfiguráljuk, hogy saját directoryja legyen, így ha később valamiért bántani kell, nem kell a fejünket vakarni, hogy hol mit kell nyesegetni
# ./configure --prefix=/usr/local/mysql

A csomagból telepített mysql levételét nem forszírozom, mert a Synaptics vele együtt olyan mennyiségű egyéb programot szeretne eltávolítani (az apache-tól a phpmyadmin-ig) hogy inkább nem csinálom.

SP